Pythonで脳画像を読み込む - NiBabel

最終更新日: 2020年4月16日

Pythonで脳画像を読み込むときは、NiBabel というパッケージを利用すると良いです。

Link

pip を利用してインストールできます。

pip install nibabel

NiBabel で扱える脳画像のファイル形式は以下の通りです。

load 関数で簡単に脳画像ファイルを読み込むことができます。ファイル形式は自動的に判別されます。

Python

from nibabel import load

filename = './***.nii.gz'
image = load(filename)

生成した image オブジェクトには、形式によって違いますが、「メタ情報」と「画像配列（Numpy array）」が含まれています。画像配列には、image.get_fdata() でアクセスできます。

Python

volume = image.get_fdata()
print(volume.shape) #-> ex: (51,61,33)

あとは、通常のNumpy 配列と同様に扱うことができます。